Add initial support for decoding AMD FMA4 and XOP instructions (#575)

* Add initial support for decoding AMD FMA4 instruction, including:

e_vfmaddsd, e_vfmaddss, e_vfmsubpd, e_vfmsubsd, e_vfnmaddpd,
e_vfnmaddsd,

* Add initial support for decoding XOP instructions:

e_vpcomd, e_vpmacsdd, e_vpcmov, e_vpshad

* Add x86 instruction decoding support for vpperm, movbe, vpperm

Fix compilation of thread_db_process (#571)

On a machine without libthread_db.so, the placeholder class had missing member functions and the contructors were calling wrong base constructors.

Support parsing cubin in dyninst-10.0 (#556)

Fixing TBB dependencies during build. (#570)

Explicitly establish dependencies on TBB.

Elfutils cleanup (#591)

fixes #557
fixes #547
fixes #561

- Consolidate all elfutils options into cmake/ElfUtils.cmake
- Allow user to supply installation hint directories
- Allow user to specify minimum version
- Use user-specified minimum version when building from source instead of 'elfutils-latest.tar.gz'
- Unify system paths when searching for libelf and libdw (fixes #557)
- Correctly install headers/libs when building from source (fixes #547)
- Exports variables for use in Testsuite (fixes #561)
- Clean up formatting

TBB Cleanup (#584)

- Remove FindTBB submodule
- Consolidate all TBB stuff into cmake/ThreadingBuildingBlocks.cmake
- Explicitly die on non-UNIX platforms when building from source (previously, it did nothing)
- Minimum TBB version is 2018.0 (I'm not sure this is necessary or sufficient)
- Export include/library directories into the CMake cache for consumption by Testsuite
- Libraries and headers are exported to CMAKE_INSTALL_PREFIX when building from source
- Correctly handles broken TBB install (intel/tbb#98)
- Explicitly die on non-UNIX platforms when building from source (previously, it did nothing)
- Minimum TBB version is 2018.0 (I'm not sure this is necessary or sufficient)
- Export include/library directories into the CMake cache for consumption by Testsuite
- Default version to build from source is 2019_U5
- Libraries and headers are exported to CMAKE_INSTALL_PREFIX when building from source
- Correctly handles broken TBB install (intel/tbb#98)

Boost cleanup (#578)

Substantially changes how we handle Boost builds in Dyninst.

Fixes #563

- Tagged build layouts are now fully supported
- Boost is exported to the same install structure as Dyninst (fixes #563)
- All cmake variables that control Boost's build options are now available for the user to change via cache variables (e.g., -DBoost_USE_MULTITHREADED)
- Substantial error handling has been added
- Consolidates all Boost-related activities into cmake/Boost.cmake
- Makes Boost-1.61 the new minimum version (needed for Filesystem)
- Builds Boost-1.69 when building from source

simple working hybrid example of patchAPI  (#588)

* simple working hybrid example of patchAPI (using dyninstAPI to create the PatchMgr and PatchObject).

* TLC plus some remarks about running the rewritten program.

Convert ThreadDB error message to info message (#574)

By default, the cmake 'message' command generates an error message. This converts it to an informational message.

A few fixes for parallel parsing (#572)

1. Fix a scenario where the delayed work of call ft edges may be skipped
2. Augment indirect jump target check, so that if a jump target is decoded
   to be No_Entry, we treat this jump target invalid
3. Should only re-parse jump tables (not indirect tail calls) for fixed point
   analysis

On ppple, spring boards may need to be long branch (can be more than 5
instructions). Allocate enough space in codegen for long branch spring boards.

Should set errno to zero before calling ptrace (#569)

Implement ARMv8 IMFC and Load/Store Shared (#562)

* Implement AArch64 InterModule Function call
* fix memory access mistakes, now uses offset mode
* removed all the debug printout for imfc
* add rewriter mode check- delete unwanted functions
* fix break on dynamic mode
* aarch64 broken movePCToReg implementation
* movePCToReg still not working
* fix addressing mode for emitLoadRelative
* LoadShared: snip_ref_shlib_var test passes
* add assert details, remove debug code, and format patch
* inst-aarch64: sprintf -> snprintf, debug comments cleanup
* Minor cleanup- Remove commented-out code and debug print statements.

Fix ARM stack walking (#559)

Fix unnecessary multiple calls to buildSysRegMap.

This function should be called only once, but was being called for every
instruction to be decoded. As a result, dyninst would take a long time
to execute. Now to simply run test1_1 on create mode takes 28 seconds,
as opposed to 58 before this fix, and now closer to 20 seconds for x86_64.

Attempts to fix legacy test failures in Dyninst test suite (#549)

* In binary rewriting, when Dyninst needs to load a library,
    it does not check whether this library has been loaded before or not.
    Dyninst will create multiple binaryEdit objects for one library, which can cause inconsistent states between these objects.

    This fix adds a map to BPatch_binaryEdit to make sure each library is only loaded once.

* Fix pc_tls failures in dyamically linked binaries.
    The root cause is a broken library name matching code.
    Just should boost:filesystem::path to deal with file paths.

Closes #549

Fix tests in PIC mode (#553)

* In dynamic instrumentation for PIE, finding variables's locations needs to add the load base of the PIE.
    Get rid of wrong, special handling of finding the load base of PIE.
* On x86-64, when emulating call with push & jmp, the push needs to push all 64-bit of the callee addresses.
* A few fixes for PIC instrumentation on power
    1. Fix PC-relative load and store of variables
    2. The preamble of PIE uses R12 to set up R2. However,
    when generating intra-module calls, Dyninst does not
    set up R12 and will call the global entry, causing R2 to
    be incorrect. Since there is no need to change R2 for
    intra-module calls, we should call the local entry
* Fix function call replacment on power for PIC.
    Need to call local entry when doing an intra-module call
* Handle relocation type R_X86_64_REX_GOTPCRELX for binary rewriting of statically linked binaries on x86-64
* Fix endianess issues for generating _init and _fini functions on power

Elfutil version check (#558)

* Add Ubuntu locations
* Search for libelf.so instead of libelf.so.1
    This makes the likelihood of find a symlink more probable.
* Add version checking
    find_package_handle_standard_args doesn't check versions of shared
    libraries, so we need to do it manually.
* Always make the configuration for elfutils noisy

Add --enable-install-elfh when building elfutils from source (#555)

When building elfutils from source on systems that have old elfutils,
Dyninst couldn't find the correct version of elf.h due to it not
being copied from the elfutils build source directory to the include
directory. In the Feb 15 2019 release of elfutils, this flag was
added to fix this.

Fix separate debuginfo
Adding correct FrameFarser to static map
Parsing modules of correct debug file

Revert the change from PR530 that will cause crashes in rewriting
statically linked binaries.

Merge pull request #548 from dyninst/dynsym_fix

Do not put newly added functions to .dynsym, which may cause the load

Remove undefined behavior from bit-shifting code

PR #536

Overflow of signed integer arithmetic (including shifting) is
undefined behavior in C++. Compilers are allowed to exploit
this UB for optimization purposes up to and including not
emitting any opcodes.

These were found using cppcheck.

Do not put newly added functions to .dynsym, which may cause the load
to behave abnormally due to duplicated symbols.

Note that adding symbols to .dynsym can be a legit use case, where
we expose hidden functions in shared libraries. But this use case
needs more development to support.

Merge pull request #543 from dyninst/ppcle_rhel8_fix

Ppcle rhel8 fix

Fix several bugs in common/src/pathName.C

FIXED:
1. Tilde expansion is done _before_ the existence check.
Since `stat` does not do shell expansions, resolve_file_path("~")
    always returned an empty string instead of the expanded path.

2. Tilde detection logic was inverted

3. Remove possible buffer overflow when making path relative to CWD

ADDED features:

1. Removes leading and trailing whitespace

2. Add basic support for Windows file system by using Boost::filesystem
Expansion of Windows-specific shell variables, e.g. %HOME%, is _not_
    supported.

3. Leverage move semantics to reduce copying
This reduces the maximum number of string copies from 5 to 3. When
resolve_file_path is invoked with an r-value, there are only two
    copies.

Adjust Dyninst to support injecting CFGs for CUBINs

See PR #530 for details.

Add some explicit casts from boost::tribool to bool for some code in (#541)

Add some explicit casts from boost::tribool to bool for some code in dataflowAPI/rose/util/Message.[Ch].  This was breaking the build when using boost >= 1.69.

Do not generate new PLTs for IFUNC when rewriting statically linked
binaries on x86. IFUNC should be handled by the loader, not the
linker, which is Dyninst when rewriting statically linked binaries.

More fixes on ppcle rewriting of statically linked binaries

1. Revert the change made in "760bfda6e409b4b61a6acd093548afa5860b4af1" about undefined symbols.
Section with number 0 is NULL section, not .bss. So, symbols with section number 0 are indeed
undefined symbols.
2. libc.a depends on libgcc.a on fedora 28 ppcle. So, also open libgcc.a to resolve undefined symbols.
3. Fix the handling of relocation entry "R_PPC64_REL24". R_PPC64_REL24 means the caller has set
up R2, so we should call the local entry point. Calling the global entry may lead to wrong r2, because
r12 is not properly set at the call site.
4. IFUNC should not be treated as a need for PLT.

Fix crash caused by erasing an iterator from a std::map while looping the iterator

A couple fixes for binary rewriting of statically linked binaries on ppcle

1. The handling of the libc global constructor and destructor is out-of-date. Follow the handling for x86-64.
2. Replace [] operator with insert() for std::map. [] operator caused weird memory corruptions
3. Symbols defined in .bss sections should not be considered undefined symbosl
4. Add and fix handling for a couple of ppc64 relocation entries

These functions were moved to the Emitter class.

Merge pull request #537 from hainest/remove_ci

Remove Travis and AppVeyor CI

Merge pull request #539 from hainest/gitignore_eclipse

Ignore Eclipse settings files and folders

Ignore Eclipse settings files and folders

Remove Travis and AppVeyor CI

This will be replaced with the Gitlab CI

fix missing installation of libdw when installing elfutils

Merge branch 'fix_elf_h'

Merge pull request #516 from jmellorcrummey/fix-linemap

Fix linemaps for CUBINs

Merge pull request #528 from dyninst/ppc_pc_fix

Ppc pc fix

Merge pull request #518 from stanfordcox/scox/includes

Don't use system header <> syntax for dyninst includes

Remove asserts that cause test failures

Fix a non-deterministic hang in test_thread_5

When the mutator stops the mutatee, the mutator will wait for
all the threads in the mutatee to stop by counting the number
of STOP events. If one of the thread exited, there will be no
STOP comeing back.

When a pre-exit event is handled, if the thread has pending stop
to be waited, we should no longer wait for this thread.

Moving funtion emitElfUtils::updateRelocation to specific platform
files, since this function uses machine specific macros from elf.h

Merge branch 'master' into ARMv8

Merge branch 'ARMv8' of https://github.com/dyninst/dyninst into ARMv8

Realized effective address calculation, but still need debugging as the result is not always correct.

Cleaned up power_opcode_table.C, revised several duplications.
Some old instructions was not deleted in the previous release, which would cause the new instructions with the same opcode futile.
All duplications has been revised but two special duos (mfocrf & mfcr, fcfids & fcfid)

Fix on x86-64 the mov instruction for register of 16-bit size.
The opcode 89h is for both 32-bit and 16-bit but to use
the 16-bit version it's necessary to add an operand-size prefix
byte of value 66h.
Test snip_ref_shlib_var now passing on x86-64 linux.

Merge branch 'ARMv8' of https://github.com/dyninst/dyninst into ARMv8

Merge branch 'master' into ARMv8

fmt mixed-indented line changes to space-indented

implement params ref for more than 8 args for AArch64
test1_36 now passes on ARMv8

Generating Load and Store of 1, 2, 4 or 8 bytes
for general purpose registers.
The function generateMemAccess32or64 has been renamed
to generateMemAccess, and the boolean parameter changed
to integer to hold the size of bytes to be loaded or
stored.
test_snip_ref_shlib_var passes.

Deal with relocation type R_PPC64_IRELATIVE

Merge pull request #519 from dyninst/power_abi_v2_fixes

Power abi v2 fixes

Fix code gen for PLT call/jump in dynamic instrumentation on Power

The red zone in Power ABI v2 contains 288 bytes for user code and
224 more bytes for system code. To be safe, we move down stack pointer
512 bytes to avoid overwriting any useful data.

Several bug fixes on binary rewriting on Power

1. Fix TOC address calculation
2. Fix PLT call/jump
3. Adjust GLINK entry in .dynamic section, which points to the PLT resolver
4. Adjust R_PPC64_RELATIVE relocation entries

Fix modifyData to correctly emit instructions
when the offset of LDR (literal) instructions, after a relocation,
is larger than +-1MB.
test_reloc passes.

Enable detach from process and leave stopped

Enables the ability to detach from a process but leave it in a stopped state

(cherry picked from commit 8470129b60a6c13b21839234f9804c355a73d8a4)

Don't use system header <> syntax for dyninst includes

always compute line info for CUBINs using parseLineInfoForObject

Merge branch 'master' of https://github.com/dyninst/dyninst

Merge pull request #510 from dyninst/fix/whileExpr

Fix whileExpr not generating the correct code and causing abort

Merge pull request #513 from jmellorcrummey/fix-openmp-link

as needed, add -fopenmp flag when linking executables

Merge pull request #507 from stanfordcox/scox/examples

Add .dir suffix to examples/{codeCoverage,unstrip}

Merge pull request #506 from stanfordcox/scox/doc

Install docs into target doc dirs

Merge pull request #509 from dyninst/fix_sign_unsigned

Fixes signed/unsigned operations for comparison, multiplication,

The right shift implementation on power is wrong. Do not use it for division.

Fix 64-bit sign/unsigned comparison, multi, and division on ARM

as needed, add -fopenmp flag when linking executables

Fix 64-bit sign/unsigned comparison, multi, and division on power

ast: fix whileOp

the current whileOp code is mostly from ifOp since they share mostly the
same high level logic.
We should update whileOp code whenever we make a future change to ifOp

cmake: export CompilerCommands for IDE jump-to-def support

Implements getDynamicCallSiteArgs to monitor dynamic call sites.
Implements emitLoadOrigRegister to get frame pointer register.
Test1_40 passes.

Start to fix signed/unsigned operations for comparison, multiplication,
and division.

This commit contains platform independent changes and platform dependent
changes for x86-64

Emit 64-bit integer multiplication and division on power

Add .dir suffix to examples/{codeCoverage,unstrip}

Update the stack locations to find for parameters, as there is an ABI change since power 8

Install docs into target doc dirs

Merge branch 'master' into ARMv8

Fix wrong handling for PTRACE_EVENT_EXIT in proccontrol. Currently, each time we see PTRACE_EVENT_EXIT, we assume the mutatee exited normally. However, this is a wrong assumption. Based on the man page of PTRACE:

PTRACE_EVENT_EXIT will happen before actual death,  This applies to exits via
exit(2), exit_group(2), and signal deaths

PTRACE_EVENT_EXIT will also be delivered to proccontrol when the mutatee
died of crashes/signals. So, we need to check whether the waitpid status
represents a normal exit or a signal exit

Fix long branch generation.
Fix emit load register indirect.
Implements hasBeenBound for ARM.
Tests passing now: test1_14, 24, 26, 27, 28, 29, and 39.

Update README.md

Implementing emitLoadOrigRegRelative and emitStoreIndir.
Adding case of loadRegRelativeOp and storeIndirOp for emitVload.
test1_23 passes.

Merge branch 'master' of https://github.com/dyninst/dyninst

Merge branch 'master' into ARMv8

Update latex based manuals

Merge branch 'master' into ARMv8

More updates to README and docx based manuals

Fix generateLongBranch to make Replace Function work.
test1_22 passes.

Clear debugging output

Update README.md

Correct LDR/STR instructions for SIMD&FP
Saving all FP registers in BaseTramp
Remove #if for DYNINST_snippetBreakpoint

Bump the version number to 10.0.0

Update Spack information

Update README.md to rewrite install documentation

Update cmake setup explanation in README.md

Remove old files and start to update README.md